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手把手教你用PyMOL作出蛋白结构图——1.基础篇
发布时间:2021-08-28
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本文摘要:大家在读者高分文献时,是不是不会常常找到像下面这些让人过目不忘的蛋白质结构图。像这样的:这些图都是可以用PyMOL这个软件做到出来的,那么什么是PyMOL呢?软件以Py+MOL命名:“Py”回应它是由一种计算机语言Python所派生出来的,“MOL”回应它是用作表明分子(英文为molecule)结构的软件。它是一个开放源码,由WarrenLyfordDeLano撰写,并且由DeLanoScientificLLC将它商业化。

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大家在读者高分文献时,是不是不会常常找到像下面这些让人过目不忘的蛋白质结构图。像这样的:这些图都是可以用PyMOL这个软件做到出来的,那么什么是PyMOL呢?软件以Py+MOL命名:“Py”回应它是由一种计算机语言Python所派生出来的,“MOL”回应它是用作表明分子(英文为molecule)结构的软件。它是一个开放源码,由WarrenLyfordDeLano撰写,并且由DeLanoScientificLLC将它商业化。

01界面讲解大家关上PyMOL后,不会看见右图右图的界面这个界面分成2个窗口,上面的我们叫它外部GUI窗口(ExternalGUI)下面的部分我们称作Viewer窗口。Viewer窗口又分成左右两块,左边用来表明结构图像(viewer),右边则是一个内部GUI窗口(InternalGUI)。

Viewer自身包括了一个命令行(我们可以看见左下角的PyMOL>提示符),可以用来输出PyMOL命令;在InternalGUI的右上角我们可以看见五个用有所不同颜色区分出去的按键,A、S、H、L、C分别回应Action、Show、Hide、Label、Color五个单词。对应的含义我会在先前的实例中展示给大家。02基本操作蛋白文件的基本格式是PDB,以1kim这个胸腺嘧啶核苷酸激酶的结构为例和大家介绍一下pdb文件是怎样表明的。

读取这个文件有三种方法:在ExternalGUI中自由选择File>Open,或者用于命令行:load获得下面这个图像:这样的图像并无法确切地表明蛋白质的二级结构,我们可以通过以下的路径让它表明得更加确切一些。页面S>as>cartoon,整个蛋白就以α螺旋和β拉链的形式表明出来但是全部都是绿色。

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此时不会感觉仍然并没明晰地分离,我们可以通过下面路径展开颜色上的区分,页面C>byss>HelixSheetLoop,这样就可以对有所不同的二级结构展开着色。(SS即secondarystructure)大家在文献里看见的蛋白结构的背景色一般都是白色的,但是PyMOL配置文件的背景色是黑色的,我们怎么把背景色调整为白色呢?大家可以试着如下图一样操作者,在ExternalGUI的上半部分窗口菜单内页面Display>Background>White,获得以下图像。可能会找到构成的图像锯齿相当严重,那么怎么转变这个现象呢?我们可以试着利用PyMOL自带的美化程序,对图像展开图形。如下图操作者,页面右上角Draw/Ray,自由选择Ray,对图片展开图形,并可以对图像分辨率必要展开调整获得美化后的图像(背景半透明,可以必要引入PS对图像展开更进一步编辑)。

如果电脑的配备过于,我们还可以自由选择闲置系统资源较少,速度更慢的Draw,获得右图。在调整完后,可以必要展开留存图像,一般留存两种形式,一种是PNG的图片形式,一种是原先的PyMOL格式,以后可以在此基础上再行展开改动。


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